Undo.RecordObject를 쓰면 자동으로 target을 SetDirty 해준다길래
SerializedProperty를 통하지 않고 변수에 접근하고 있었다. 근데 제대로 작동 안 할 때가 있잖아? Prefab Instance에 있는 list를 수정할 때가 그랬다. (unity 2018.3.0f2)

They told me that Undo.RecordObject makes target dirty. But it doesn’t do properly in some cases. Such as deleting the last unit on an array in the instance of prefab.

강제로 뒤에 EditorUtility.SetDirty를 호출하면 해결되지만 영 찜찜하다.
결국 Unity에서 하라는대로 SerializedProperty를 통해 변수를 수정했다.